生物制藥與細胞治療行業蓬勃發展，“細胞”不再僅是生產工具，更搖身一變成為了藥物。對于細胞的正確使用以及污染防控，也成為行業中重要且不可或缺的基礎工作。美德華生為客戶提供快速、準確、客觀的細胞鑒定工作，通過案例，扎實分享我們在細胞鑒定服務工作中遇到的一些疑難問題，也幫助大家更理解自己手中的鑒定報告：人源細胞鑒定細胞與數據庫分型一致，但數據庫之間不一致怎么辦?

      疑案一：到底是不是RKO？
      問題描述：客戶委托的一株標記為“RKO”的細胞，檢出分型和購買時鑒定書的分型基本一致，但和ATCC中RKO細胞(CRL-2577)的匹配度僅為79%(匹配峰個數/數據庫中所有峰個數=15/19)，按ATCC給出的細胞鑒定標準，當56%≤匹配度<80%時需要進一步厘清。
      
      由左至右分別為樣本檢出分型、ATCC數據庫和DSMZ數據庫比對結果中匹配度最高的細胞，紅字表示不匹配的分型
      鑒定結論：
      1、在各基因座沒有出現三等位現象，可以判定該株細胞不存在人類細胞交叉污染。
      2、與ATCC中 RKO(CRL-2577)細胞匹配度79%。
      3、在DSMZ中有與其100%匹配的細胞p53Rp [JHU-56](CRL-2781)。
      討論：既然這個細胞不存在交叉污染，且分型與RKO相近，那么的確很有可能是源自于RKO。
      我們到ATCC網站進一步用細胞編號“CRL-2577”查詢RKO細胞說明書(specification)，發現其vWA基因座的分型稍有不同，為15，16，17，22（查詢ExPASy也為22）。如此一來，檢測樣本的STR分型就完全被包含在ATCC RKO細胞分型中。
      其次，在DSMZ中比中最高的p53R(CRL-2781)是什么細胞呢？經ATCC網站查詢，發現CRL-2781這個編號細胞已經“被下架”不復存在了。ExPASy網站顯示，p53R細胞來源于RKO（下圖）。而DSMZ比中次高匹配的是RKO(CRL-2577)，匹配度EV=0.92(34/37)。
      至此，我們可以給出的鑒定結論為：“進一步厘清后，分型結果包含在 ATCC No. CRL-2577，RKO Colon CarcinomaHuman 中。在 DSMZ 數據庫中與 Cell No. CRL-2577 , RKO 細胞系匹配度(EV)為 0.92。認為測試樣本來源于RKO細胞。”
      


      疑案二：是細胞污染還是細胞特性？
      問題描述：客戶委托的一株標記為“803”的細胞，檢出分型和國家細胞庫協和細胞資源中心公布的“人胃癌細胞MGC-803”分型完全一致，但出現3個3等位基因座（下圖高亮標識），并且在ATCC和DSMZ數據庫匹配到的細胞并非MGC-803，而是AV-3和HeLa.P3 ，匹配度分別為86%和0.72(EV)。那么，問題來了，這株細胞究竟能不能判定為人胃癌細胞MGC-803呢？
      
      由左至右分別為樣本檢出分型、NSTI、ATCC數據庫和DSMZ數據庫比對結果中匹配度最高的細胞，紅字表示不匹配的分型，黃色標示檢出的三等位基因座
      鑒定結論：
      1、在3個基因座出現三等位現象，認為該細胞株為人類細胞的混合物，存在人類細胞交叉污染。
      2、與ATCC中 AV-3(CCL-21)細胞匹配度86%。
      3、在DSMZ中沒有與其100%匹配的細胞。
      4、在NSTI國家實驗細胞資源共享服務平臺中有與其100%匹配的細胞“MGC-803”。
      討論：由于在ATCC和DSMZ中都沒有收錄MGC-803細胞，所以首要工作就是先去了解MGC-803細胞。在NIST上介紹該細胞“1980年建系，人胃癌低分化黏液腺癌組織小塊用RPMI-1640培養液培養4天細胞開始生長”。通過學術搜索，發現該細胞主要由華人廣泛應用于胃癌尤其耐藥性研究，國內文章提及來源的是1984年發表在《生理科學》的一篇胃癌抗原研究，描述“MGC 803系山東師范學院生物系由一低分化胃癌患者手術標本建立的胃癌細胞系”。至此，我們幾乎可以下結論，該細胞株屬于國人自建。
      然而，問題還沒有得到充分解決。雖然MGC-803是國人自建，在國外數據庫沒有可以理解，但是3個三等位基因座究竟是污染還是該細胞特征呢？

      我們接著查看在ATCC和DSMZ與該細胞高度匹配的細胞“AV-3”和“Chang Liver”（注：編寫文章時，HeLa.P3已經查無資料，DSMZ匹配度次高的細胞為 Chang Liver）,發現這兩株細胞都被標注為 HeLa 污染。在 ExPASy 數據庫中也明確提示了MGC-803細胞可能存在 HeLa 污染呢。至此，我們可以確定，提交給客戶的結論不變：不能排除有其他人源細胞污染的可能性。
      
      


      從上面的數據分析比較看似簡單、實驗數據也很明確的細胞鑒定工作中存在著的許多可以探討、斟酌的細節。這兩個案例同樣都是與購買的數據庫分型一致，顯示細胞在實驗人員手上并沒有發生污染或變異，但是鑒定結論卻一個支持為該細胞，一個認為有污染。